FIO mógł pełnić istotną rolę we wdrażaniu rozwiązań pilotażowych i zbieraniu doświadczeń w zlecaniu zadań publicznych i realizowaniu polityki państwa przy udziale organizacji pozarządowych. Nie odegrał jednak takiej roli, a wady przyjętych wskaźników sprawiły, że nie dysponowano narzędziami do wiarygodnej oceny osiągania celów programów. Brakowało też podstaw do rzetelnej oceny trwałości i jakości dotowanych projektów. Co więcej – sposób zarządzania programami FIO utrudniał porównywanie nakładów i efektów pomiędzy poszczególnymi ofertami, a tym samym wybór w konkursach najbardziej efektywnych projektów. Także sposób sprawowania nadzoru nad wykonaniem dotowanych zadań nie gwarantował przestrzegania ustawowych zasad efektywności wykorzystania środków publicznych.
Pełny raport NIK z kontroli FIO 2012-2015: raport-nik_kontrola-fio_2012-2015