Połączenie się jednej fundacji z drugą jest, oprócz likwidacji i ogłoszenia upadłości, sposobem zakończenia jej działalności. Podstawę prawną w tym przypadku odnajdziemy w art. 5 ust. 1 zd. 2 u.f., który stanowi, że statut może fakultatywnie zawierać postanowienia dotyczące łączenia się fundacji z inną. Ów proces może polegać albo na transferze majątku z jednej fundacji do drugiej, czego skutkiem jest utrata podmiotowości prawnej fundacji, która przenosi swój majątek (inkorporacja), albo na fuzji dwóch organizacji, co doprowadzi do rozwiązania obu fundacji i powstania nowej.

Połączenie się fundacji może być spowodowane próbą uniknięcia likwidacji jednej z fundacji, czy też po prostu ułatwienia sobie realizacji celów, zwłaszcza tych, do których potrzeba większej ilości pieniędzy czy większego nakładu sił. To co jest ważne w całym tym procesie to fakt, że organizacje muszą mieć podobne cele statutowe. Bez spełnienia tego kryterium sąd nie wyrazi zgody na połączenie.

Podstawą rozpoczęcia procesu są odpowiednie uchwały właściwych, według statutu, organów fundacji. Jeśli mamy do czynienia z inkorporacją to fundacja przejmowana musi złożyć do sądu rejestrowego wnioski:

  1. KRS-X2 (Wniosek o wykreślenie podmiotu z Krajowego Rejestru Sądowego);
  2. KRS–ZS (Zmiana – połączenie, podział, przekształcenie – załącznik do wniosku o zmianę danych w Krajowym Rejestrze Sądowym).

Jeżeli w wyniku inkorporacji doszło do jakichkolwiek zmian wymagających zgłoszenia do KRS to fundacja przejmująca musi złożyć wniosek:

  1. KRS-Z20 (wniosek o zmianę danych podmiotu w KRS – fundacja, stowarzyszenie, inna organizacja społeczna lub zawodowa)

W momencie zakończenia procesu łączenia majątek i zobowiązania oraz wierzytelności fundacji przejmowanej przechodzą na konto fundacji przejmującej.